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　　1941年初，由于國(guó)民黨制造皖南事變，變本加厲地向各抗日根據(jù)地進(jìn)行軍事包圍和經(jīng)濟(jì)封鎖，使陜甘寧邊區(qū)的財(cái)政金融發(fā)生了極大的困難。為了打破國(guó)民黨的封鎖，中共中央決定邊區(qū)銀行由不公開到公開，由只發(fā)行少量法幣的輔幣到發(fā)行獨(dú)立的本位幣，由主要經(jīng)營(yíng)商業(yè)到全面開展銀行業(yè)務(wù)，由當(dāng)財(cái)政的支付機(jī)關(guān)到向國(guó)家銀行轉(zhuǎn)變。正是在這一情況下，朱理治被留在延安，接任陜甘寧邊區(qū)銀行行長(zhǎng)。他臨危受命，辛勤工作，忍辱負(fù)重，在黨中央和邊區(qū)政府的領(lǐng)導(dǎo)下，終于使陜甘寧邊區(qū)銀行進(jìn)入了一個(gè)全新的發(fā)展階段。

　　首先，他尊重科學(xué)，尊重貨幣流通規(guī)律，強(qiáng)調(diào)財(cái)政收支平衡、出入口貿(mào)易平衡和外匯平衡，使邊幣在為了克服邊區(qū)經(jīng)濟(jì)和財(cái)政困難而不得不多發(fā)行的情況下，能夠基本穩(wěn)住其與法幣的比價(jià)，維護(hù)了邊幣的信用。他還提議創(chuàng)建了貨幣交換所，用經(jīng)濟(jì)的辦法打擊了法幣，擴(kuò)大了邊幣的流通范圍。其次，他通過發(fā)放貸款、有獎(jiǎng)儲(chǔ)蓄、內(nèi)匯和通匯等，大力擴(kuò)展銀行業(yè)務(wù)，完善了邊區(qū)銀行作為新民主主義國(guó)家銀行的職能。第三，他積極推進(jìn)銀行的組織建設(shè)，想方設(shè)法網(wǎng)羅人才，使邊區(qū)銀行在短短的一年時(shí)間里，總行的內(nèi)設(shè)機(jī)構(gòu)由3個(gè)發(fā)展為6個(gè)，分支機(jī)構(gòu)由5個(gè)發(fā)展為30多個(gè)，人員由50多人發(fā)展到150多人，還聘請(qǐng)專家組成了顧問團(tuán)，在全邊區(qū)形成了完整的金融網(wǎng)絡(luò)。第四，他努力加強(qiáng)銀行的制度建設(shè)，不僅成立了專門的條規(guī)起草委員會(huì)，還親自草擬一些重要的條例。據(jù)不完全統(tǒng)計(jì)，在他任期內(nèi)，銀行制定的各種章程、辦法、條例、法令有20多個(gè)。規(guī)章制度的健全，為邊區(qū)銀行的業(yè)務(wù)發(fā)展發(fā)揮了重要作用。在任邊區(qū)銀行行長(zhǎng)的一年多時(shí)間內(nèi)，不僅采取各種有力措施使銀行走上了全面發(fā)展的軌道，而且進(jìn)行了大量的對(duì)策研究和深入的理論探討，寫出了10余萬字論述金融問題的文章，如《邊區(qū)新的金融政策之意義與目的》、《邊幣的根本問題》等，有的還發(fā)表在延安《解放日?qǐng)?bào)》上。他根據(jù)毛澤東的要求寫的一份關(guān)于邊區(qū)金融工作的報(bào)告，得到毛澤東的充分肯定，認(rèn)為“很有些價(jià)值”，指示中央西北局作為起草財(cái)政綱領(lǐng)的參考。《毛澤東書信選集》，人民出版社1983年版，第184頁。在貨幣發(fā)行問題上，他主張“一方面要反對(duì)一種害怕發(fā)行邊幣，限制與束縛邊區(qū)生產(chǎn)發(fā)展的傾向；另一方面也反對(duì)無限制的過多地發(fā)行邊幣”；在對(duì)待法幣的問題上，他主張既要反對(duì)允許邊、法幣共同行使的做法，又要反對(duì)檢查和沒收人民家藏法幣與攜帶法幣的做法。他的這些主張都為以后的實(shí)踐證明是正確的，他的金融問題的文章也因其具有一定的學(xué)術(shù)價(jià)值而成為革命金融史上的一份寶貴的精神遺產(chǎn)。

　　1942年10月，中央西北局召開陜甘寧邊區(qū)高級(jí)干部會(huì)議。這次會(huì)議，對(duì)朱理治在1935年九十月間陜北肅反中的錯(cuò)誤，進(jìn)行了批判。朱理治虛心接受了這次審查和批判，并沉痛作了自我批評(píng)。但這次批判中，西北局的主要領(lǐng)導(dǎo)人高崗不是著重分析當(dāng)時(shí)錯(cuò)誤的客觀環(huán)境和思想根源，而是耿耿于懷，無限上綱，硬說肅反事件錯(cuò)捕劉志丹、高崗是出于朱理治個(gè)人的陰謀陷害，還孽造說朱理治拒絕迎接中央和中央紅軍等等。尤其是當(dāng)他的哥哥在市場(chǎng)上做黑市買賣被銀行工作人員查處后，他更是指責(zé)朱理治對(duì)西北局鬧獨(dú)立性。在這種背景下，銀行工作也被牽涉進(jìn)去。接著，朱理治被免去行長(zhǎng)職務(wù)。以后，朱理治任西北財(cái)經(jīng)辦事處副主任兼計(jì)劃委員會(huì)主任。1943年3月，朱理治調(diào)中央黨校學(xué)習(xí)。